# Manuál

## Menu

- Settings
- Windows:
  - Proteins
  - Proteases
  - Modifications & Bonds
  - Measurement
  - Computation
  - Results
- FAQ

## Prerequisities and requirements

- Java alespoň ve verzi 7.0
- 200MB RAM by měla být dostatečná pro experiment s 1 000 přiřazenými a 32 000 nepřiřazenými záznamy; 1500MB by měla být dostatečná pro vygenerování 1 000 000 nefiltrovaných možností
- 2MB prostoru na disku (V závislosti na zaplnění DB, ale vliv by měl být zanedbatelný. Na druhou stranu to automatické ukládání výsledků může - v závislosti na experimentu spotřebovat docela dost místa... TODO: Zkontrolovat, až doplníme do dokumentace obrázky...)

## Spuštění programu

- Bez parametru: načte (poslední použité) nastavení ze souboru `input.sen` a zobrazí první panel s nastavením.
- S jedním parametrem: parametrem je cesta k souboru s nastavením. Načte nastavení a zobrazí první panel, který neumožní spuštění dál. Pokud jsou všechny panely bez problémů, spustí výpočet. (Aby umožnilo automatické zpracování, možná by se hodil i parametr pro
  - zavření programu po skončení výpočtu [série zpracování];
  - parametr pro skončení na posledním parametru nastavení [změna souboru měření];
  - neskočit dál nejen když je chyba, ale když se nepodaří nastavit vše?)
- Se dvěma parametry: první je cesta k souboru měření; druhý je soubor hmot pro ověřování kontrolních rozdílů. Spuštěno je hledání alternativních přiřazení hmotám v souboru měření pomocí částečně nespecifického štěpení - u peptidů je hlídáno, aby nebyl překročen limit na počet missed-cleavage, byl-li v původním štěpení nastaven. Pokud nějaký panel nastavení hlásí chybu, program je ukončen.

## Errors

V případě, že by nastala nějaká neodchycená chyba, měla by se zapsat do souboru `error.txt`. V takovém případě mi prosím tento soubor pošlete, ať to mohu opravit. Pokuste se také co nejpřesněji specifikovat, v jaké situaci k chybě došlo - vhodné je přiložit soubor `.sen` s nastavením parametrů (příp. soubor měření, soubor s proteiny atd.) a složku `Properties`. Soubor `error.txt` se nepřepisuje, takže není nutné zálohovat každou jeho změnu, stačí zaslat ten poslední. (A pak ho smazat, aby se ty chyby neduplikovaly.) Pokud narazíte na nějakou chybu, která se neodchytí, nebo se program chová jinak, než by měl (např. nepovolí něco, co by měl), uložte použité nastavení a pošlete ho také se složkou `Properties`.